Naga Bonar (Deddy Mizwar) adalah seorang pencopet di Medan yang sering keluar-masuk penjara Jepang, ia bersahabat dengan seorang pemuda bernama Bujang (Afrizal Anoda). Sepulang dari penjara, Bang Pohan (Piet Pagau) mengatakan tentang proklamasi kemerdekaan Indonesia yang sudah diproklamasikan di Jakarta, dan di Medan yang belum sempat dimerdekakan harus memperangi Belanda yang sudah memasuki wilayah Indonesia dengan maksud untuk berkuasa lagi. Lewat narator radio, diceritakan penolong Naga Bonar ketika sakit, Dokter Zulbi yang merupakan teman Bang Pohan diperkirakan sebagai mata-mata Belanda yang ternyata itu hanya isu. Naga Bonarpun menjadi tentara garis depan dalam perlawanan terhadap Belanda. Setelah beberapa perlawanan yang sengit, Naga Bonar dititahkan dari markas untuk mundur karena perundingan dengan Belanda mau dilaksanakan.
Perpindahan pasukan dari desa ke markas menjadi saat Naga Bonar mulai tertarik dengan anak Dokter Zulbi, Kirana (Nurul Arifin). Pada perundingan Belanda dengan Indonesia, Naga Bonar yang menjadi wakil Indonesia justru menunjuk Parit Buntar sebagai tempat wilayah tentaranya (karena Naga Bonar tidak bisa membaca peta). Juru tulis pasukan, Lukman, mengatakan bahwa Parit Buntar adalah tempat yang sudah diduduki oleh Belanda. Setelah itu, Naga Bonar mulai mendekati Kirana dengan hasil yang memuaskan. Sehari setelah itu, Bujang mengambil baju jenderal Naga Bonar dan pergi ke Parit Buntar untuk melawan Belanda, naas, ia tewas. Naga pun sangat terpukul dengan kepergian sahabatnya dan akhirnya bersama dengan Kirana, dan pasukannya Naga pergi ke Parit Buntar untuk memusnahkan markas Belanda dan berhasil. Film diakhiri dengan orasi Naga Bonar dan Kirana kepada pemuda indonesia.
