Please take a moment to complete this survey below
Library's collection Library's IT development CancelSeiring dengan pekembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, semakin
banyak keuntungan yang ditemukan dari sebuah proses Polymerase Chain
Reaction (PCR). Untuk memulai sebuah proses PCR diperlukan sepasang helaian
asam nukleat yang berfungsi sebagai titik awal untuk sintesis DNA yang disebut
primer. Para ahli biologi merasa kesulitan untuk mendesain sepasang primer
untuk suatu spesies tertentu di dalam sampel DNA jika di dalam sampel tersebut
terdapat DNA spesies yang bukan spesies yang ingin digandakan bagian DNAnya.
Berdasarkan permasalahan tersebut, maka diperlukan suatu aplikasi yang
dapat membantu orang mendesain sepasang primer. Pada skripsi ini akan dibuat
aplikasi untuk melakukan alignment pada beberapa sequence DNA sekaligus
dengan menggunakan algoritma Clustal W. Output dari aplikasi ini dapat
membantu user untuk mendesain sepasang primer yang cocok. Metode ini dapat
menghasilkan alignment yang memperlihatkan daerah dari sequence DNA yang
homolog.
Berdasarkan hasil pengujian yang dilakukan, hasil Alignment sangat
dipengaruhi oleh parameter weight matrix dan gap penalties. Dengan parameter
weight matrix dan gap penalties yang berbeda alignment yang dihasilkan juga
akan berbeda. Perbedaan waktu proses algoritma Clustal W dibandingkan dengan
Clustal mengikuti quadratic growth.